Висш ислямски институт предлага на студентите редовна и задочна форма на обучение. Учебните занятия за студентите редовно обучение се провеждат в дните от понеделник до петък. Занятията на студентите от задочно форма на обучение се провеждат по предварително определена схема. В задочната форма на обучение, която е платена, се приемат само онези, които работят като имами, служители в мюфтийствата и като учители по „Религия-Ислям”.

Продължителността на обучението във Висш ислямски институт е десет семестъра, като първите два са подготвителни.

Обучението включва следните организационни форми на обучение: лекции, семинари и занятия, упражнения, работа с текстове, подготовка и защита на курсови работи и бакалавърски тези, рамазански и педагогически стаж.

Студентите имат право да избират учебни дисциплини от избираемите и факултативните и да придобиват допълнителна квалификация, както и преподавателите при паралелно водене на учебни курсове. В института може да се организира и интензивен курс за изучаване на чужд език в самостоятелен семестър.

Обучението за образователно-квалификационна степен “бакалавър” завършва с академичен изпит или защита на бакалавърска теза. За академични изпити се определят три изпитни сесии в рамките на две години, като втората сесия е не по-късно от 6 месеца от първата.

Успешно завършилите петгодишния курс на обучение получават образователно-квалифиционна степен “бакалавър” и придобиват квалификация ислямски теолози.

По споразумение с Нов български университет в София, те могат да придобият нова квалификация – специалист по „история и култура на източните народи” и диплома за бакалавърска степен след като се явят на три приравнителни изпити. Това им дава възможност да продължат образованието си в магистърска степен по програма за сравнително религиознание в същия университет и други висши училища. Също така могат да продължат магистърската степен в други висши учебни заведения по специалности като история, филология и други хуманитарни специалности.